หลังจากนั้นพบการกลายพันธุ์ของเชื้อโควิด-19 ที่เป็นวาระสำคัญของวงการแพทย์ทั่วโลกอีก 2 สายพันธุ์ คือ คือสายพันธุ์ที่พบครั้งแรกในแอฟริกาใต้เมื่อเดือนตุลาคม 2563 ซึ่งพบว่าไวรัสจับเซลล์ได้ดีขึ้น ติดเชื้อง่ายขึ้น และอาจหนีภูมิคุ้มกันได้ดีขึ้น ซึ่งอาจมีผลต่อประสิทธิภาพวัคซีนเนื่องจากพัฒนาโดยใช้ไวรัสสายพันธุ์ดั้งเดิม อีกสายพันธุ์พบครั้งแรกที่บราซิลเมื่อเดือนธันวาคม 2563 ที่พบว่าระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์จับไวรัสสายพันธุ์นี้ได้น้อยลง
“สำหรับประเทศไทยเอง ได้รับการสนับสนุนจาก วช. ให้ถอดรหัสพันธุกรรมติดตามอยู่ตลอดเวลา เราได้ถอดรหัสพันธุกรรมในผู้ป่วยที่อยู่ในสถานกักกันที่เดินทางจากต่างประเทศ เราเห็นว่ามีการเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมไปทีละเล็กทีละน้อยแบบนี้ และเราก็รู้อีกว่าไวรัสก่อโควิด-19 คงไม่หมดไปจากโลกนี้อย่างแน่นอน เพราะขณะนี้มีผู้ป่วยจากทุกประเทศทั่วโลกกว่า 100 ล้านคน เมื่อไม่หมดไป การจะทำให้โรคนี้สงบลงได้ คือ ให้ทุกคนมีภูมิต้านทาน แล้วเมื่อติดเชื้อ ต้องไม่ก่อโรค หรือก่อโรคให้น้อยที่สุด ให้เป็นเพียงแค่หวัดธรรมดา ถ้าทุกคนมีภูมิ ดังนั้น วัคซีนในปัจจุบันจึงมุ่งลดความรุนแรงของโรค” ศ.ดร.ยง ภู่วรวรรณ กล่าว
จากการติดตามพันธุกรรมของเชื้อโควิด-19 ที่เข้ามาในประเทศไทย นักวิจัยพบผู้ป่วยติดเชื้อโควิด-19 สายพันธุ์กลายพันธุ์จากอังกฤษ แต่ได้ควบคุมอย่างรัดกุม และมีมาตรการที่เข้มงวดกว่าผู้ป่วยที่ไม่ได้ติดเชื้อไวรัสกลายพันธุ์จากอังกฤษ เช่น การแยกกักกันโรค ระยะเวลาในการเฝ้าระวัง นอกจากนี้ยังพบด้วยว่าการระบาดระลอกแรกในไทยมีเชื้อโควิด-19 ที่กลายพันธุ์เป็นสายพันธุ์เฉพาะที่พบได้เฉพาะในไทย แต่จากการควบคุมที่ดีมากทำให้ไม่พบเชื้อกลายพันธุ์ดังกล่าวอีก